实验室实行理事会领导下的主任负责制。理事会是实验室最高决策和监督机构，由中国矿业大学分管校领导、徐州市科学技术局相关领导、共建单位领导和中国矿业大学相关职能部门负责人组成，负责实验室建设方案制定、章程、发展规划等，协调解决实验室建设和发展中的重大问题。
